Todo comenzó cuando Lady Judía, la gobernante del Reino Judía y unos embajadores estaban de visita en el palacio de la Princesa Peach en el Reino Champiñón. Sin embargo, la visita resultó ser un engaño, se trataba de unos villanos muy buscados en el reino fronterizo. Uno de ellos es una malvada bruja llamada Bruja Jiji la cual ha reemplazado la bella voz de la Princess Peach por la emisión de unas violentas explosiones que producen incluso terremotos. El caos se desata en Mushroom Kingdom y Mario y Luigi se dirigen hacia el castillo, donde se encontrarán a Bowser que había ido a secuestrarla sin violencia, pero al descubrir lo sucedido trata de ayudar a la princesa dado que si luego la secuestra las explosiones acabarían destrozando su castillo. Cuando descubren lo que ha sucedido, estos acérrimos enemigos se unen y siguen a la bruja hasta el Reino Judía. Aunque en un principio Luigi se negó a embarcarse en tal aventura no tuvo otra opción que hacerlo. El viaje al reino colindante se realiza mediante una nave voladora de Bowser llamada Turbokoopa. Desafortunadamente un ataque aéreo procedente de la Bruja Jijí y sus secuaces destroza su nave. Bowser desaparece quién sabe dónde y Mario y Luigi tienen que seguir a pie mientras van aprendiendo nuevos movimientos y trabajando como buenos hermanos para derrotar a los enemigos y poder llegar hasta el castillo del reino.

La grandiosa Reina Haba, madre del Príncipe Peasley es quien manda en el Reino Judía. Es muy sabia y sabe mantener el control de su reino incluso en acontecimientos tales como en los bombardeos sufridos contra su reino por parte del ejército de la bruja Jiji.

Al principio, la Reina Haba se convierte en un monstruo por ingerir un gusano que había en un fruto. El gusano provocó que los músculo de la reina crecieran considerablemente y limitó sus funciones crebrales provocando así que únicamente sintiera deseos de destrucción. Cuando Mario y Luigi llegan en el cuarto del trono, la reina está descontrolada y les ataca con sus poderosos brazos. Tras una difícil batalla los fontaneros logran vencerla. En ese momento entra en escena Lady Judía, la dama de compañia de la Reina Haba y explica que la causa de dicha transformación fue debido a la Bruja Jijí y que para que vuelva a la normalidad es necesario el refresco Jijí que se encuentra en el bosque. Sin pensarlo un momento Mario y Luigi se adentran en el bosque con el fin de encontrarlo.

El príncipe del Reino Judía e hijo de la Reina Haba es un buen amigo de la Princesa Peach del Mushroom Kingdom. En su reino está considerado un heroe y hecha una mano en lo que puede a Mario y Luigi a la hora de parar los pies a la Bruja Jijí proporcionando información e incluso combatiendo. De todas formas es algo fanfarrón, incluso desafía a los hermananos Mario a que encontrará la estrella antes que ellos. Conocido por su blanca y reluciente sonrisa, su melodía y un pelo dorado y liso que al sacudirlo produce destellos dorados que usa para presumir, especialmente a las chicas a quienes posiblemente las vuelve locas. Tiene también una pequeña espada para sus enfrentamientos y una judía voladora que emplea para desplazarse por el reino.

Lady Judía es la embajadora del Reino Judía. Conoce todo lo que hay que saber de la judía estelar. Ella es quien normalmente tiene las ideas y aconseja a la reina a la hora de golbernar. Únicamente se encarga en la aventura de dar consejo y proporcionar información para combatir a la bruja. La Bruja Jijí se disfraza de ella con el propósito de engañar a Mario Bros cuando éstos llegan a palacio.

Se hace llamar así mismo "ladrón de las sombras", Panyo es un ladrón que aparece por primera vez en las bodegas abandonadas junto con Bowser que tiene amnesia. Se trata de un personaje agresivo, se enoja con facilidad y trata con desprecio, incluso a sus aliados. Aunque trata de enfrentarse a los hermanos resulta sencillo vencerlo. Su técnica de batalla es simple y cobarde. Se dedica a robar los objetos a sus oponentes y luego los usa contra ellos aunque si roba una estrella puede llegar a curarse. Los hermanos se vuelven a reencontrar con ellos en el sótano de la Academia Jajá cuando ellos trataban de robar la judía estelar. En Cuando Bowser recupera la consciencia deja a Panyo, el cual posteriormente hace equipo con Birdo con el que nuevamente es derrotado por Mario y Luigi en el Valle Jejé.

La Bruja Jijí es una bruja que practica la magia negra en el Reino Judía. Ayudada por el Esbirro Jijí logran robar la voz de la Princesa Peach para obtener el poder de la Judía Estelar que permite conceder deseos. La leyenda del Reino Judía asegura que sólo alguien con una voz hermosa puede activar las energías misteriosas de la Judía Estelar. El deseo y esperanza de la Bruja Jijí no es sino utilizar esta energía con el fin de conquistar el Reino Judía y acto seguido el Reino Champiñón. Sus planes, sin embargo, no llegan a buen puerto. El Maestro Kinopio y los Toads se habían percatado de la trampa que les había tendido la Bruja Jijí y decidieron anticiparse cambiando a la Princesa Peach por Birdo, de esa forma la voz que robaron era la de Birdo. Una voz que al ser oída por la Judía Estelar provoca que ésta se enfurezca y no conceda ningún deseo.

Tras ser derrotada en la Academia Jajá y cuando Bowser recobró la consciencia, el Esbrirro Jijí, su mano derecha, gracias a su sombrero que también usa para lanzar bolas de energía, metió el espíritu de la bruja en el cuerpo de Bowser lo que provocó que la Bruja controlase el cuerpo y se volviese más fuerte que nunca.

La Bruja Jijí es la primera villana femenina, luego la seguirán otros como la Reina Oscura en Paper Mario 2 o la Princesa Shroob en Mario & Luigi 2 Partners in Time. En dicho juego, el Esbirro Jijí aparece llevando una tienda en las alcantarillas del castillo de la Princesa Peach.

Los Habitantes del Reino Judía son aliados del Reino Champiñón, y localizado al sur de él. La gente del Reino Judía Beanish tiene la piel verde, tienen generalmente enormes bocas y acostuman a reírse. Son más protectores de sus fronteras y su gobierno parece más cercano a sus habitantes que en el Reino Campiñón. Los habitante del Pueblo Juajuá parece ser una raza estrechamente relacionada con la gente de judía, que actualmente están bajo su dominio. Los soldados del Reino Judía siguen las órdenes que les mandan la reina. En tiempos de crisis realizan misiones especiales. Durante la batalla usan una jabalina y un escudo Durante las veces de crisis, ellos pueden ser empleados para misiones especiales. Cada soldado lleva un casco metálico y pectoral para protegerse. Durante la batalla, un soldado usa su jabalina y su escudo.