Posteriormente, en el pacífico reino de Sarasaland compuesto por Birabuto, Muda, Easton, y Chai, un día, sus cielos, de repente, fueron cubiertos por una enorme nube negra. De una grieta en esta nube surgió un monstruo especial desconocido llamado Tatanga para intentar conquistar Sarasaland. Tatanga hipnotizó a la gente de todos los reinos de modo que él pudiera controlarlos a su voluntad. De este modo él asumió Sarasaland. A continuación quería casarse con la Princesa Daisy de Sarasaland y hacerla su reina. Mario fue a Sarasaland para saber conocer estos acontecimientos, y comenzó un viaje hacia Chai donde la Princesa Daisy está retenida, para liberarla, vencer a Tatanga y restaurar la paz en Sarasaland. Tras derrotarle apareció Daisy y ambos regresan en avión. Finalmente Mario regresa al Mushroom Kingdom. (Mario Land)

Tras mucho tiempo de desaparición entre las sombras Bowser hizo acto de presencia. En esta ocasión acompañado de sus 7 hijos, los Koopalings. Cada uno de ellos tenía su barco mágico, unas enormes naves que navegaban por el espacio y transportaban las tropas de koopas y un sin fin de armamento y se habían apoderado de una isla del Mushroom Kingdom arrebatándole la barita al rey de las respectivas islas y al cual, con la poderosa barita, transformaban a los enemigos. Mientras Bowser permanecía en el Mundo Oscuro. Mario y Luigi descubrieron nuevos poderes tales como volar usando el traje mapache, nadar con facilidad vistiendo un traje de rana, poder arrojar martillos usando el traje de los hermanos martillos e incluso convertirse en estatuas usando un traje de Tanooki. Mario y Luigi terminaron venciendo a cada uno de los hijos de Bowser en sus respectivas fortalezas aéreas, pero al llegar a la séptima, la Princesa Peach es raptada por lo que deben atravesar el Mundo Oscuro, llegar al temeroso Castillo de Bowser, y derrotarlo para rescatarla. (Mario Bros 3)

Después de salvar al Reino de los Champiñones del poder de Bowser e hijos en Super Mario 3, Mario y Luigi tuvieron que recuperarse de sus aventuras. Juntos acordaron que el mejor sitio para pasar las vacaciones era un lugar mágico llamado Dinosaur Land (El país de los Dinosaurios).

Pero mientras Mario y Luigi se tumbaban en la playa para echarse una relajante siesta, la Princesa Toadstool desapareció, aparentemente apoderada por fuerzas malvadas. Después de buscar a su desaparecida amiga durante varias horas, Mario y Luigi toparon con un enorme huevo en el bosque.
De repente el huevo se rompió y salió de sopetón un joven dinosaurio llamado YOSHI, quien procedió a contar a Mario y a Luigi un triste cuento que trataba de cómo sus amigotes dinosaurios fueron encerrados en huevos parecidos por un grupo de monstruosas tortugas.

"¡Tortugas monstruosas!" exclamo Luigi" Bowser y su grupo han vuelto". Lentamente Mario asintió la cabeza y junto con Luigi y Yoshi, inició el camino a través de Dinosaur Land con el fin de encontrar a la Princesa y de liberar a los amigos de Yoshi. Al emprender su viaje, Yoshi entregó a Mario una preciosa capa. "Esto puede ayudarte" dijo "Algunos dicen que tiene poderes mágicos".

Con un poco de suerte (y la ayuda de una capa mágica), logran acabar con los 7 Bichos Alocados de Bowser y después de celebrar la hazaña en la Casa de Yoshi regresaron al Mushroom Kingdom. (Mario World)

Peach agradecida por las múltiples ocasiones en que Mario la había rescatado le regaló una isla a la que llamaron Mario Land. Mientras Mario se mudaba a su nuevo castillo, apareció Wario, su mejor amigo de la infancia, que tras su estancia en el Reino Oscuro de Bowser se convirtió en un temible villano. Wario se apoderó del castillo, y escondió las 6 Monedas de Oro que abrían el castillo en diversos lugares de la Isla y cada una de ellas estaba vigilada por un jefe. Mario al conocer la situación se puso manos a la obra y fue en busca de las Monedas de Oro. Tras lograrlo entró en el castillo, venció a Wario y recobró su castillo, salvando así su tierra. (Mario Land 2)

Poco después Luigi se retiró a la Isla de Sarasaland a visitar a Daisy, Mario y la Princesa por su parte permanecieron en el Mushroom Kingdom. De repente, Bowser apareció de la nada capturando en su Clown Copter a la Princesa Toadstool. Mario corrió a rescatar a la Princesa e irrumpió en el castillo de Bowser, después de vencer a varios enemigos se encontró cara a cara con Bowser. Mientras batallaban en el castillo de Koopa, son interrumpidos por un terrible villano llamado Smithy, obsesionado con dominar el Mundo, capturando el castillo. Mario tuvo que recobrar las piezas de la Estrella del Camino, esparcidas por el Reino Champiñón, esta vez ayudado por unos nuevos amigos llamados Mallow y Geno, la Princesa Peach y Bowser Koopa que desesperado por recobrar lo que es suyo, por primera vez y casi única se unió a Mario. Tras grandes esfuerzos derrotaron a Smithy y encontraton todas las piezas de la Estrella de Camino, y la reconstruyen. (Super Mario RPG)

Cuando reinaba de nuevo la paz y la armonía la Princesa Peach decidió mudarse a su propio castillo. Para inaugurarlo decidió invitar a Mario enviándole una carta:

“Mario, por favor, ven al castillo. He hecho una tarta para ti.
Afectuosamente tuya, la Princesa Toadstool”.

Mario al recibirla pensó: “¡Uauu, una invitación de mi cariñín! Ahora mismo voy. ¡Espero que pueda esperarme!”. Mario estaba tan emocionado con la invitación de la Princesa que vive en el Castillo de las Setas que se vistió rápidamente con lo mejor que tiene y salió pitando. Mario llegó al palacio y tuvo un mal presentimiento: “¡Mmm! Aquí pasa algo. Está todo tan silencioso...”.

Olvidándose de su inquietante premonición, Mario entró en el castillo donde es recibido por unas roncas palabras. “No hay nadie en casa! ¡Lárgate! Bwa ja ja!” El sonido parecía venir de todas partes. “¿Quién está ahí? ¡He escuchado antes esa voz...!” Bowser había encerrado en cuadros que adornaban el palacio a Peach, sus guardias, junto a las estrellas que protegían el castillo. Mario empezó a buscar por todo el castillo. La mayoría de puertas estaban cerradas, pero tras encontrar una abierta echó un vistazo a su interior. Colgado de la pared estaba el cuadro más grande que hubiese visto en su vida y desde detrás del cuadro salía el sonido más extraño que hubiese oído jamás... “Creo que he escuchado a alguien llamando. ¿Qué secretos encerrará este cuadro?” Sin pensarlo dos veces, Mario saltó hacia el cuadro y a medida que era atraído hacia él, otro mundo se abrió ante sus ojos. Poco a poco, Mario recobró las estrellas protectoras, y se enfrentó a Bowser y tras una épica batalla logró derrotarle. De esa forma Mario rescató a su Princesa y a sus protectores. Peach le recompensó con un dulce beso y su prometido pastel. (Super Mario 64).